东非共同体关税同盟协议授权部长委员会对同盟的发展进程进行督查。因此审计结果将提交部长委员会进行评议。关税同盟预计于2009年正式运行，同时出台的还有东非国家共同市场，货币同盟和政治联邦。此次审计将总结成绩，找出东非共同体关税同盟在执行过程中的不足。EABC将向不同资产所有者进行询问，问题涉及：关税同盟面临的挑战，机构问题，基础设施和程序设立，潜在和可实现的机遇，关税同盟在执行过程中所遇到的问题，关税同盟草案结构的主要问题，与其他关税同盟的矛盾等。在审计过程中，将与主要资产持有者就关税同盟在执行过程中遇到的挑战、困难和机遇进行调查和磋商。调查将主要针对部分商业从业者，磋商主要与国家或地区机构或组织进行。审计范围涉及加工制造、农业、贸易、清关和运输，国家和地区协会，商会，清关和运输代理协会，海关和税务部门。审计将集中在以下方面：关税同盟机构设立，东非共同体关税同盟与区域贸易的协调机制，非关税壁垒的执行，实施共同对外关税对有关部门的影响及共同对外关税率。