长期以来，我国保税区虽然都临港，但一般与港口分开，区港功能没有得到较好开发，造成货物进出不流畅、管理繁琐、费用增加等问题。因此，应实行港区一体化运作，形成“区港联动”，增加货物、资金和信息的聚集和扩散能力，使保税区和港口的各项功能得到充分开发。
保税区与港口企业关系分析
20世纪90年代以来，我国港口建设取得了巨大的成就，但港口功能普遍比较单一。长期以来，由于对港口功能的认识不到位，一直停留在“港口是交通运输枢纽”的认识上，单纯地发展港口运输功能、口岸功能。现在，在“区港合一”的发展导向下，把港口企业真正纳入市场竞争的范畴，建立港务管理集团公司，把港口的功能从单一的运输功能扩展到与港口关联的临港工业、商贸业、运输业、港口服务业以及现代物流业，建立全面、系统的功能体系。
口岸功能仍是港口的主要功能和特色功能。口岸功能包括：一是装卸功能。这是港口的传统产业，建立在港口的地理优势上，大量支线航班组成支线网络与干线班轮在这里交汇，每年有大量的集装箱通过这里，其中还有大量的国际中转箱，港口内的装卸企业应运而生。二是仓储功能。货物装卸前后有一定的等待时间，等船或等收货人提货，这一段时间货物的何去何从问题使得港口的临时仓储发展起来，现在这一功能得到进一步扩大。三是集疏运功能。这是枢纽港功能充分发挥的基础功能。四是船舶服务功能。包括供油、供水、供应船用备件和船舶修理。五是航运中介功能。即货运代理、船舶代理、理货、货运保险、船舶保险等等。
港口企业打破垄断、自主化经营，为了适应市场，赚取利润，势必会不断开发相关功能；而这些功能，像出口加工、仓储物流、转口贸易等在保税区内早已开发，有的已初具规模。由于市场自身的盲目性，同一领域就会出现两方面在进行同样的功能开发、进行重复建设的现象，这既会影响到正常的市场秩序，也是一种对资源的浪费。因而，实行“港区联动”目的就在于利用市场的竞争功能和优胜劣汰，在国家宏观经济政策的调控下，分析港区和保税区企业的优势，合理配置资源，将两方面的开发、管理一体化。
保税区与物流园区关系分析
临港地区发达的交通网络体系和保税区优惠的开发政策，使得保税区成为建立物流园区的理想选址。建立物流园区，目的在于系统地开发各项服务功能，在保留传统功能的同时，引导区内企业形成新的功能。如，产品配送功能，能按客户需要进行产品的包装、配套、分选、集货等，积极协助商品进入市场；商品管理功能，对运货、储存、送货都有科学的管理，具有方便的商品流服务和高效的物流程序；市场保障功能，在工贸和批零之间发展商业信用，促进资金加快周转，帮助客户消除汇率风险；市场信息服务功能，向客户提供市场需求、产品情况、价格变化等重要市场信息。新功能的开发使物流园区的建设更加完善，但与保税区的一些企业功能开发又出现了重合，特别是物流园区的功能已经成为港口企业和保税区企业角逐的对象。这虽然在一定程度上激发了企业间的竞争，促进了经济的发展，但同时也是一种对资源、人力、物力的巨大浪费。因此，希望能够通过对功能的一体化管理来避免和解决这些问题。
保税区与区内企业关系分析
（1）保税区为区内企业的建立、发展创造了优越的外部条件。第一，放开进出口经营权的管制。过去，在保税区内，对区内贸易公司仍然以是否赋予进出口经营权而给予限制，使进出口贸易的通道受到一定的阻碍，这也使得国际贸易的功能难以发展。今天，我们要建设好具有国际自由贸易区性质的新型保税区，就要放开进出口贸易的经营权，区内企业可以自主地决定自己的经营方向，自由地进行各种进出口贸易，这更有利于我们抓住机遇发展经济，不会再因为没有进出口经营权而错失良机。第二，放开外汇管制。计划经济体制下的外汇管制严重制约着保护区的有限度放松的外汇制度，其结果造成保税区受到诸多限制。根据保税区的特点，外汇管制的放开是发展自由贸易的前提。第三，建立企业设立登记制度。以前，要在保税区建立一个企业必须向行政机构提交申请，然后等待繁琐复杂的审批程序结束。改变以前企业建立步步申请、层层审批的制度为企业设立登记制度，企业只需要在具备基本条件的情况下直接向相关行政机构登记即可，真正实现投资自由。第四，稳定政策。国家在保税区内实施的优惠政策应该长久固定，以增强区内企业的安全感和稳定感。
（2）积极开发各项功能，完善保税区体系，建立集团公司，承担保税区的管理功能。保税区管理模式改革，要尽量弱化政府职能，由开发公司管理保税区。这种开发公司应该是一种形成集团化经营的综合性集团公司，它的业务范围尽可能宽泛，将保税区的各种开发功能链接起来，对外形成“一条龙”服务。这样，它的经济地位能够使其在对保税区的管理中具有权威性；而企业自身敏锐的洞察力和应时而动的特性，又给这种管理增加了灵活性和高效性。
总之，“区港联动”是我国保税区今后一段时间发展的主要方向，这有利于打破垄断，将港口企业转型为市场经济的经营主体，参与竞争，优化配置，创建“一条龙”的服务模式，与世界经济接轨，带动国内经济发展。
