第一，明确企业重组按照不同情况适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。在“普通”和“特殊”的划分上，制定了清晰的界限，较之原规定对“特殊”的要求更高。比如特殊重组交易对价中涉及股权支付比例不低于其交易支付总额的85%，比原规定提高了5个百分点（在所得税处理上，特殊重组，在过去的规定中称为“免税重组”，在重组交易发生时，对股权支付部分，以企业资产、股权的原有成本为计税基础，暂时不确认资产、股权转让所得和损失，也就暂时不用纳税，或者将纳税义务递延到以后履行）。

　　第二，明确了企业清算业务所得税处理办法。首先，应以清算期间作为一个独立的纳税年度计算确定应纳税所得额，而无论清算期间实际是长于12个月还是短于12个月；其次，企业的全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额，为清算所得；再次，被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得，免征企业所得税；剩余资产减除股息所得后的余额，应确认为股东的投资转让所得或损失。最后，清算所得可以弥补以前年度亏损。

　　第三，进一步调整了房地产开发经营业务企业所得税处理规定。国家税务总局出台《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号），解决了房地产开发企业在新《企业所得税法》下如何进行税务处理的问题。与原有政策相比，以下几点值得重点关注：首先，计税毛利率调低了5个百分点。在当前房地产市场不景气情况下，除经济适用房等项目外，企业销售未完工开发产品取得收入的计税毛利率，与国税发[2006]31号文件相比，将一般开发项目的计税毛利率由20%、15%、10%降低为15％、10％、5%，每档均降低了5个百分点。其次，明确企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予在当期按规定扣除。最后，继续强调不得事先核定征收。企业出现《税收征收管理法》第三十五条规定的情形，税务机关可对其以往应缴的企业所得税按核定征收方式进行征收管理，并逐步规范，同时按《税收征收管理法》等税收法律、行政法规的规定进行处理，但不得事先确定企业的所得税按核定征收方式进行征收、管理。

　　第四，企业取得专项用途财政性资金的企业所得税处理问题得到明确。对企业在2008年1月1日至2010年12月31日期间，从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡符合以下三个条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：一是企业能够提供资金拨付文件，且文件中规定该资金的专项用途；二是财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；三是企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。

　　第五，文化企业所得税优惠政策期限被延长。原政策规定的文化企业所得税优惠在2008年底执行到期，财税[2009]31号、财税[2009]34号文件规定，自2009年1月1日至2013年12月31日，经营性文化事业单位转制为企业，自转制注册之日起，继续免征企业所得税。同时，出版、发行企业库存呆滞出版物，纸质图书超过5年（包括出版当年，下同）、音像制品、电子出版物和投影片（含缩微制品）超过2年、纸质期刊和挂历年画等超过1年的，可以作为财产损失在税前据实扣除。已作为财产损失税前扣除的呆滞出版物，以后年度处置的，其处置收入应纳入处置当年的应税收入。

　　第六，其他特殊规定。对于开（筹）办费，企业可以在开始经营之日的当年一次性扣除，也可以按照新《企业所得税法》有关长期待摊费用的处理规定处理，但一经选定，不得改变。企业为汶川地震灾后重建、举办北京奥运会和上海世博会等特定事项的捐赠，可以据实全额扣除，即这类特定事项的捐赠不受企业利润的影响，不足扣除的还可以无限期结转扣除。软件企业能够准确划分的职工培训费用的，不受职工教育经费扣除标准的限制，可以全额扣除。